La primera información que se tiene acerca de José Agustín Cabezas dice que el 24 de marzo de 1808 fue nombrado administrador de Correos de la villa de San Ambrosio de Vallenar, por el gobernador Luis Muñoz de Guzmán, mientras que el 1 de enero de 1813 fue elegido procurador general del Cabildo local.
Fue diputado por Vallenar en la Asamblea Provincial de Coquimbo, entre el 26 de junio de 1825 y el 12 de noviembre de 1826. El 6 de octubre de ese mismo año, junto con otros parlamentarios de dicha Asamblea, firmó una declaración de adhesión al sistema federal.
En 1831 fue reelecto diputado por Huasco en la Asamblea Provincial de Coquimbo. En esta calidad inicia las gestiones tendientes para que Vallenar obtenga el título de ciudad. Entre los antecedentes que proporciona a favor de su petición fueron: “Los considerables ingresos al erario nacional que reportaba la rica producción de plata, oro y cobre existente en Vallenar, el aumento de sus edificios y las construcciones de la casa consistorial, escuelas, el cuartel de guarnición, la cárcel, el magnífico templo y la radicación de 280 familias”. La ley respectiva fue promulgada el 24 de octubre de 1834.